El 6 de enero de 1978, Pol Pot se dirigiría así a las tropas en la zona oriental:
En una entrevista que hizo Ben Kiernan a Heng Sarim sobre el propósito de las incursiones en Vietnam, este respondió:
Mientras los Khmeres Rojos se concentraban en atacar a todos sus "enemigos", Radio Phnom Penh convocaba a los habitantes del oriente del país a "levantar las banderas del celo nacional, confrontar el deber de odio y de sangre en contra del... expansionismo y el anexionismo".[30]
En 1978, Pol Pot lanzó la campaña para "descubrir" lo que él llamaba el enemigo oculto. Su idea de que el Partido y el Ejército estaban infiltrados de vietnamitas y de agentes de la CIA hizo que muchos de sus hombres fueran detenidos, interrogados, torturados y ejecutados. La teoría del régimen fue que dentro del Partido había enemigos y que localizarlos y eliminarlos era una obligación a toda costa. Los "enemigos contra-revolucionarios" debían desaparecer, en un proceso que Pol Pot llamó de "barrida y limpieza" (boh somat).[31] Uno de los lemas del partido era "una mano para la producción y otra para combatir al enemigo".[32] Vann Nath, uno de los pocos sobrevivientes de S-21, dijo a Alexander Hinto que "la palabra enemigo tenía un gran poder... al escucharla, todos nos poníamos nerviosos.[33]
El "enemigo oculto" se volvió una obsesión para Pol Pot y si no existían, él mismo los crearía bien pronto. Para él, los "enemigos externos" eran visibles, fáciles de identificar y de combatir, pero los "enemigos en el interior" eran una tarea en la que todos debían implicarse. En su anuncio de la existencia del Partido Comunista de Kampuchea (PCK), dijo a la asamblea:
Interpretando literalmente las palabras del discurso de Pol Pot y siguiendo la lectura de Chandler, el 1 ó el 2% de la población camboyana entonces representaba 140.000 personas de 7 millones de habitantes, es decir, todas esas personas eran consideradas "enemigos del Estado". Pol Pot decía que los enemigos no podían ser tratados de la misma manera: unos debían ser "re-educados" y otros debían ser "neutralizados". Mientras se mantenía dicho discurso, cientos de personas eran interrogadas, torturadas y ejecutadas en S-21.
En 1978, durante el aniversario de Partido Comunista de Kampuchea, Pol Pot expresó:
El 10 de mayo del mismo año, en una transmisión de Radio Kampuchea Democrática, dirigiría las siguientes palabras en el contexto de los ataques a Vietnam:
Los ataques reiterados a territorio vietnamita y las persecuciones dentro del propio partido se unirían para precipitar rápidamente el fin del régimen. Comenzó ya desde 1978 una oleada de deserciones que prepararían los elementos para un nuevo episodio en suelo camboyano: la invasión vietnamita efectuada con los propios camboyanos.
El 25 de diciembre de 1978 Vietnam lanza una invasión militar de Camboya con los propios camboyanos que se habían refugiado en ese país. Entre ellos estará un joven que será el futuro líder de la Camboya de post-guerra, Hun Sen, y que había desertado de los Jemeres Rojos junto con otro grupo significativo de personas, que hoy conforman la cúpula máxima del gobierno del Reino de Camboya.
El 7 de enero de 1979 Vietnam toma Phnom Penh. El Príncipe Norodom Sihanouk huye a China y Pol Pot y sus hombres huyen a las selvas del norte. Vietnam funda la llamada República Popular Camboyana (RPC), con Heng Samrin, antiguo militante de los Jemeres Rojos, como Jefe de Estado. Éste tiene que afrontar las hostilidades del Frente de Liberación Nacional del Pueblo Camboyano, movimiento no comunista, liderado por Son Sann, y del Frente de Unidad Nacional para una Independencia Neutral, Pacífica y Cooperativa (FUNCINPEC), liderado por el príncipe Norodom Sihanouk. En febrero, China lanza una invasión limitada de Vietnam como respuesta a la invasión vietnamita de Camboya, pero se retira pronto alegando que ya había castigado bastante a Vietnam, aunque parece que tuvo influencia las buenas relaciones Vietnam-URSS.
El General Vo Nguyen Giap fue el responsable de dirigir la invasión de la Camboya de Pol Pot con 100 mil soldados y 20 mil guerrilleros khmeres del que se hacía llamar "Frente Unido de Kampuchea" cuyo dirigente era un ex-khmer rojo, Heng Samrin. La invasión, en la cual Pol Pot no creyó hasta que no la vio sobre Phnom Penh, comenzó el 25 de diciembre de 1978 y el 7 de enero de 1979 el territorio camboyano estaba casi sometido en las regiones más importantes. El 17 de enero de 1979, China comenzaría en represalia su propia invasión de Vietnam, que de todas maneras no alcanzó las proporciones de las de Vietnam en Camboya. De todas maneras, las hostilidades en la frontera chino-vietnamita continuarían hasta la retirada del ejército vietnamita de Phnom Penh. Si bien la ocupación vietnamita le dio a Pol Pot una nueva bandera para una nueva campaña de liberación nacional y en la cual encontró el respaldo de varios países como Tailandia, que temía al comunismo vietnamita, China continuó respaldándole y los mismos Estados Unidos pretendieron utilizarle como un medio de contraposición para la hegemonía del Vietnam en la región.
La imagen de Pol Pot bien pronto se empañaría mientras iban haciéndose públicos los testimonios de víctimas sobrevivientes y refugiados y se encontraron numerosas evidencias de las atrocidades cometidas. Las divisiones en el interior del Partido, iniciadas antes de la invasión vietnamita, lo resquebrajarían, y Pol Pot sería contestado incluso por figuras de su entera confianza como Ieng Sary, quien llegaría a hacerle enteramente responsable de los desmanes del régimen, una posición que seguirían los demás líderes de los Khmeres Rojos, especialmente después de los diálogos de paz con el nuevo Gobierno.
En 1982 los Jemeres Rojos, el FLNPC y el FUNCINPEC forman una coalición contra Vietnam. El príncipe Norodom Sihanouk es escogido como presidente de la Coalición, Khieu Samphan es el vicepresidente y Son Sen el primer ministro. Refugiado en las selvas, Pol Pot renuncia como comandante de los Jemeres Rojos en la insurgencia en 1985, aunque retiene su supervisión. En 1987, organiza encuentros con Hun Sen, el primer ministro de la PRK y aunque se abren vías de comunicación, no se llega a acuerdos. En mayo de 1988 Vietnam anuncia planes de retirada de sus 50.000 soldados de Camboya para fines de año. En julio de 1988 los representantes de todas las partes en conflicto se reúnen en Bogor, Indonesia. Vietnam condiciona su retirada de Camboya a la completa desaparición de los Khmeres Rojos. China exige la completa retirada de Vietnam, pero no acepta ningún papel de Pol Pot en el gobierno que se ha de formar. China reprocha a la URSS su respaldo a la presencia vietnamita en Camboya. Del 30 de julio al 30 de agosto de 1989 se produce la Conferencia Internacional sobre Camboya en Francia. China promete suspender las ayudas a los Khmeres Rojos y se exige a Vietnam que se retire del país. Hun Sen queda a la cabeza del país como primer ministro.
El 23 de octubre de 1991, las cuatro facciones enfrentadas firman el tratado de paz estableciendo un gobierno de transición supervisado por las Naciones Unidas. El príncipe Sihanouk regresa al país y se establece una monarquía constitucional elegida por consulta popular. En 1993, se convocan elecciones pluripartidistas. Los Jemeres Rojos las boicotean asegurando que están manipuladas por los vietnamitas. En 1996, los Khmeres Rojos empiezan a desintegrarse. Ieng Sary acusa a Pol Pot de ser el principal responsable de los asesinatos políticos. Divisiones internas provocan deserciones de los desmoralizados guerrilleros, lo cual debilita progresivamente la guerrilla khmer. En 1997, Pol Pot manda ejecutar a Son Sen, convencido que está colaborando con el gobierno camboyano, y hace asesinar también a su esposa e hijos: tal hecho le acarrearía la pérdida de las simpatías de sus últimos aliados. El 25 de julio, Ta Mok, Camarada Cinco y comandante militar de los Khmeres Rojos, ordena el arresto de Pol Pot, le somete a un juicio popular y le sentencia a vivir en prisión por la muerte de Son Sen y su familia. Para entonces, Pol Pot ya está enfermo: durante dicho juicio, acepta conceder una entrevista al periodista Nate Thayer de la "Far Eastern Economic Review", en la que asegura que los asesinatos se debieron a la falta de experiencia en el gobierno y a la mala actuación de algunas personas, y que él no es un hombre violento.
Saloth Sar, quien pasaría a la historia como Pol Pot, murió el 15 de abril de 1998 a los 73 años de edad, en medio de las selvas camboyanas que en su juventud habían inspirado sus ideales. Era oficialmente prisionero del grupo que había fundado cuatro décadas atrás, los "Khmeres Rojos". Los informes oficiales establecen que su muerte se debió a un ataque cardíaco, pero rumores de un posible atentado a su vida se presentaron como una posibilidad. Su cuerpo fue incinerado en una hoguera de coches viejos, lugar que posteriormente fue rodeado por una barrera de láminas de hierro al norte del país, cerca del lugar de su muerte.
En mayo el ejército camboyano capturó los últimos emplazamientos de los Khmeres Rojos, mientras muchos líderes se entregaron al Gobierno y algunos fueron amnistiados como Ieng Sary. El entonces heredero de la línea de mando, Ta Mok, huye queriendo refugiarse en Tailandia, pero es capturado y llevado prisionero a Phnom Penh, en donde morirá en 2006. Permanecieron pequeños núcleos de khmeres rojos en el país sin organización y liderazgo, que poco a poco se integrarían a la nueva sociedad camboyana de la post-guerra.
A pesar de las numerosas fuentes acerca de Pol Pot y los Khmeres Rojos, la personalidad de Pol Pot en particular es un punto que genera controversias y que llama la atención de muchos como ocurre con personajes históricos de su porte. Los resultados catastróficos de su gobierno y de un régimen que pasó a la historia como uno de los más sanguinarios del siglo XX hace que se piense en una personalidad ruda, fría y calculadora. Sin embargo, las fuentes y testimonios señalan en cambio a un hombre muy diferente.
Milton Osborne recuerda el último encuentro del príncipe Norodom Sihanouk con Pol Pot el 5 de enero de 1979, días antes de la caída del régimen:
La amabilidad de Pol Pot es siempre un elemento común señalado por los que tuvieron algún contacto con él en algún momento de su vida. Nayan Chanda menciona por su parte la primera delegación de prensa a la que se le permitió ingresar en la denominada Kampuchea Democrática en julio de 1976. Esta delegación venía de Vietnam y estaba liderada por el periodista Tran Thanh Xuan, subdirector de la Agencia de Noticias de Vietnam. Este periodista dijo:
El corresponsal de The New York Times, Sidney Schanberg, citado por Kenneth Quinn en su artículo "Explicando el terror", escribió:
En contra de lo que podría pensarse en cuanto a ver a Pol Pot como un líder único, compartía su poder con los más allegados a su pensamiento y a su proyecto político, los mismos que coinciden con el "Grupo de Estudio de París". Si bien Pol Pot es el cerebro principal, no se ponía en un lugar visible, ante lo cual se generó una característica común a los Khmeres Rojos de ocultar la identidad de los líderes e incluso de los mismos cargos. La identidad del máximo dirigente de los Khmeres Rojos sólo se daría a conocer durante la constitución oficial de la Kampuchea Democrática el 5 de enero de 1976. Pero aun así el nombre de "Pol Pot" no decía nada a muchos, como lo expresa François Ponchaud en su obra "Camboya año cero" todavía en 1977:
En realidad, Pol Pot prefería permanecer lo más anónimo posible. La paranoia que empieza a desarrollar a partir de 1978 y que le lleva a crear un sistema nacional de sospecha, en el cual mueren muchos de los mismos Khmeres Rojos, puede tener sentido en esa actitud de mantener siempre su identidad en secreto y por lo cual se oculta en nombres como el de "Pol Pot". No existe ningún registro en el cual se diga que él o sus más altos mandos hicieron visitas a S-21 u otras prisiones posibles, tampoco a los campos de exterminio, pero sí a los frentes que combatían en las fronteras con Vietnam, en donde dirigió palabras a los soldados. Después de regresar de Francia, Saloth Sar se había dedicado a la enseñanza en Phnom Penh y el haber sido profesor, además de ser un indudable intelectual, hace que se sitúe como el profesor de su proyecto en la construcción de un nuevo país y hablará siempre de una "profunda instrucción y educación del colectivo".[41] Siempre repetirá los mismos conceptos, incluso después de la caída del régimen, que giraban alrededor de la construcción de una nueva Camboya y a una seria educación, autocrítica, crítica y permanente revisión del estilo de vida revolucionario para depurar cualquier posible contradicción.[42]
Evidentemente la figura de Pol Pot trae al juicio de la historia a otros personajes, quizá más oscuros y enigmáticos y a otras naciones que entraron en el juego de la Guerra de Vietnam. Schanberg, por ejemplo, especula que si los Estados Unidos no hubieran apoyado el golpe de Estado de Lon Nol en 1970, los comunistas le hubieran derrocado más rápidamente y se hubiera establecido un Estado comunista o socialista sin los resultados dramáticos que se conocen:
Sin embargo, el proyecto político de Pol Pot está históricamente demostrado como un pensamiento que tuvo tiempo de ser madurado desde su estancia en Francia (1948 - 1953) y que fue ejecutado al pie de la letra en una experiencia única en la historia de la humanidad. El periodista socialista francés Jean Lacouture dice que existen dos razones para entender el fracaso de la revolución comunista camboyana y su extrema violencia:
Con frecuencia el nombre de Pol Pot se relaciona con genocidio y masacres, por ejemplo como lo mencionó el presidente de Cuba, Fidel Castro, en un discurso en 1983:
La primera consecuencia del sanguinario régimen es, sin duda, la invasión de Vietnam en 1979 y, con ello, el fortalecimiento de la política exterior vietnamita en la región, contrastada por China. La guerra civil y la guerra contra la ocupación vietnamita prolongaron el tiempo de violencia en el país por un periodo incluso más largo del que duró el régimen. En consecuencia, Camboya pasó a encabezar la lista del país más pobre del Extremo Oriente y a vivir de la ayuda internacional. Una era de permanente violencia entre 1970 y 1989 diezmó la población, se suspendió durante un largo tiempo el proceso educativo de la población infantil y juvenil, se retrocedió en salud pública poniendo al país como uno de los más vulnerables a enfermedades como el sida y retrasó el desarrollo económico.
En 2007, el país vive un rápido proceso de desarrollo gracias a una relativa paz, y una nueva generación que no conoció la guerra crece con otra visión de la historia, en un país en donde el 70% de la población es menor de 30 años.[46] El Tribunal Internacional establecido en 2007 en Phnom Penh para juzgar los crímenes de guerra de los Khmeres Rojos, pone el tema de nuevo de actualidad y el nombre de Pol Pot vuelve a mencionarse. Algunos querrán escudarse en él dejándole la entera responsabilidad de los desmanes del régimen, pero queda siempre el juez más implacable: la historia.