El Lince Ibérico es el felino más amenazado del planeta.[11] Restringido a la Península Ibérica la drástica disminución de ejemplares ha llevado a que sea declarada especie protegida (1966) y a que solo existan colonias de linces en los Parques Naturales de Sierra de Ándujar y Cardeña, Montoro, y a Doñana y su entorno pues las otras colonias peninsulares se estiman desaparecidas.
El Centro de Cría de El Acebuche en Doñana desarrolla un programa de cría en cautividad en el que ha logrado la supervivencia de once ejemplares nacidos en el centro más una treintena capturados en el parque y cuya posible supervivencia era más que dudosa. Estos intentos de conservación se ven amenazados por la alta tasa de mortalidad de ejemplares o los recurrentes atropellos a causa de vehículos que entran ilegalmente en el parque o transitan por las carreteras del entorno de Doñana, aunque a veces las causas de deceso no quedan lo suficientemente claras como denuncian algunos organismos.[12] La delicada situación de esta especie animal la ha convertido en uno de los símbolos más reconocibles del parque.
Son de especial interés especies como la Vulpia fontquerana, la Linaria tursica, el enebro costero, el Micropyropsis tuberosa, el Hydrocharis morsus ranae o la Thorella verticillatinundata, muchas de ellas fuertemente amenazadas. En otro sentido se realizan trabajos para eliminar especies no autócnonas como el Eucaliptus, la Acacia, el Gomphocarpus fruticosus, la Nicotiana glauca o la Carpobrotus edulis.
Otras especies destacables del parque, de las más de 900 que se asientan en los ecosistemas de Doñana son: la adelfa, el alcornoque, el alhelí de mar, el almajo dulce, la barrilla pinchosa, el barrón, la brecina, el brezo, la camarina, el cantueso, el cardo marino, el carrizo, la clavellina, la enea, el helecho común, el jaguarzo, la junquera, el labiérnago, la lechetrezna del mar, el lentisco, la masiega, el palmito, el pino piñonero, la retama negra, la retama de escobas, el romero, la sabina, el tojo, el tomillo, el torvisco o la zarzamora. También, hay las plantas florecientes, como la lavanda.
La dureza de este ecosistema se hace patente en la necesidad de algunas especies vegetales para adaptarse a condiciones muy especiales: las dunas de arena y su suelo inconsistente. Este ecosistema de dunas móviles, casi inexistente en otros lugares de la península ibérica, es consecuencia del fuerte viento del sur-oeste. El enterramiento de la vegetación, y sobre todo de árboles, a cargo de los lentos movimientos de arena es uno de los más conocidos fenómenos de la zona de playa del parque.
Desde el Desastre de la presa de Aznalcóllar la concienciación sobre los riesgos mediambientales a los que está expuesto el espacio natural ha aumentado. Diversos estudios y grupos ecologistas inciden de manera recurrente en una serie de problemas que ponen en riesgo flora, fauna y suelo. Si bien la presión urbanizadora y sus diversas demandas ha sido un problema a lo largo de los años ésta no es la única problemática asociada.
Se han considerado por ejemplo una serie de problemas relacionados con las infraestructuras cercanas al parque. En este sentido se ha criticado desde diversos sectores ecologistas el proyecto de creación de un oleoducto entre Extremadura y el Puerto de Huelva[13] que aumentaría considerablemente el tráfico de buques petroleros por la zona, con el consiguiente riesgo de mareas negras. Por otra parte la necesidad de dragar frecuentemente el Guadalquivir para permitir la entrada-salida de buques hacia el Puerto de Sevilla se ha señalado como causa de serias alteraciones en la dinámica del estuario.[14] Adena ha vinculado el paso de estos barcos con la entrada de nuevas especies animales en los ecosistemas, cuando éstos soltaban agua de lastre en la que se contenían estas especies.
Otro problema son las extracciones de agua para regadíos, muchas de ellas ilegales,[15] que se han duplicado desde finales de los años 1980 para mantener cultivos intensivos como el del algodón o el del arroz. Las demandas de agua de complejos residenciales cercanos como Matalascañas (Almonte) también podría afectar la dinámica de aguas en el parque.[16] Por último se plantean posibles riesgos de salinización de sus aguas relacionados con el cambio climático. Así, la entrada de agua salada procedente del Atlántico podría poner en peligro a varias especies animales.[17] Por el contrario, los riesgos de desertización también serían patentes.
Pero el mayor desastre natural al que se ha enfrentado Doñana ocurrió el 25 de abril de 1988. Ese día una balsa de la empresa Boliden-Apirsa en Sanlúcar la Mayor y que contenía en torno a 8 hm³ de residuos de metales pesados se rompió produciendo un importante vertido al cercano río Guadiamar y desplazándose a través de éste al preparque. Aunque ahí fue frenado mediante diques y desviado al Guadalquivir camino al mar se evidenció los riesgos ambientales a los que está sometido el débil ecosistema del espacio natural de Doñana.[18]
Para garantizar un desarrollo sostenible tanto en el espacio natural como en las comarcas cercanas y así contrarrestar esta problemática mediambiental una Comisión Internacional de Expertos se reunió en 1992 para proponer soluciones. Todo ello fue origen del denominado Plan de Desarrollo Sostenible de Doñana y su Entorno, la Fundación Doñana 21 que se define textualmente como:
Dicho plan estableció entre sus objetivos el impulsar una serie de actuaciones que fueran beneficiosas para el espacio natural, convertirse en interlocutor con las instancias nacionales y europeas o promover la participación de los diversos agentes relacionados con el parque en un desarrollo sostenible de la zona.[19]
La Estación Biológica de Doñana o EBD es un centro dedicado al estudio de la ecología terrestre. Se creó en 1963 gracias al Gobierno y WWF para garantizar las investigaciones científicas en los ecosistemas de la zona, siendo tanto el éxito que se investigan también otros ecosistemas nacionales e internacionales. La EBD, como centro dependiente del CSIC, se distribuye en un centro de investigación en Sevilla, la Reserva Biológica de Doñana en Almonte, una Estación de Campo en el Parque Natural de las Sierras de Cazorla, Segura y Las Villas en la provincia de Jaén.[20] A este centro pertenece entonces la Reserva Biológica de Doñana o EBD dentro del parque y con 6.794 ha a la que se le suma la Reserva Biológica de Guadiamar.[21]
El término municipal de Almonte, y por ende el parque, se encuentra enclavado en una zona en la que las manifestaciones religiosas han sido frecuentes a lo largo de los siglos. Los pasados cultos religiosos a divinidades de la naturaleza y las aguas como los de la diosa Cibeles (cuyo culto tiene muchas similitudes con las actuales celebraciones rocieras) fueron rápidamente adaptados por los primeros cristianos de esas tierras. De época paleocristiana fue datada una pequeña basílica ya desaparecida, pero es sobre todo una vez finalizada la reconquista de la zona en 1262 cuando las advocaciones marianas se consolidan. En torno a 1270-1284 Alfonso X reconstruye la Ermita de Santa María de las Rocinas y en 1337 aparece la primera reseña al culto mariano en la zona:
La imagen es anterior, probablemente del siglo XIII[22] aunque es a finales del siglo XVI cuando adopta la iconografía actual de acuerdo a la moda del tiempo: como dama de la corte.
El culto a la Virgen del Rocío es inseparable del entorno natural, del coto. La misma leyenda sobre el hallazgo de la imagen a cargo de un pastor se encuentra unida a la dureza de los parajes naturales de Doñana:
Una vez arraigada la romería de El Rocío, la masificación de peregrinos a lo largo de determinadas fechas es evidente, no solo en la aldea de El Rocío donde se sitúa la ermita sino también en zonas aledañas pertenecientes o no al parque como la Piara del Acebuchal, el Puente del Ajolí, la Boca del Lobo o el camino de Moguer. Todo ello a permitido dar a conocer más el parque pero a la vez ha supuesto un importante impacto medioambiental en éste[23] (peligro de incendios, paso de caballos y de automóviles todoterreno, carretas...) según denuncian diferentes instituciones y ecologistas además de hacer necesarios multitud de medios de protección contra incendios[24] y de seguimiento en general.[25]
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